Komitet został powołany w 1958 r. Pierwszym Przewodniczącym był prof. dr hab. Stanisław Leszczycki, następnymi: prof. dr hab. Kazimierz Dziewoński, prof. dr hab. Ryszard Domański, prof. dr Jerzy Kołodziejski i prof. dr hab. Tadeusz Markowski.

Komitet Przestrzennego Zagospodarowania Kraju PAN (KPZK PAN) jest jednym z komitetów problemowych działających przy Prezydium PAN. Komitety problemowe powoływane są w celu wykonania określonych zadań naukowych. Do zadań Komitetu należy prowadzenie działalności naukowo-badawczej i konsultacyjnej dotyczącej: polityki regionalnej i polityki przestrzennego zagospodarowania kraju w trzech wymiarach polityki spójności Unii Europejskiej oraz instytucjonalno-prawnych aspektów planowania zintegrowanego w układach funkcjonalno-przestrzennych na poziomie europejskim, krajowym i regionalnym. Działalność międzynarodowa Komitetu realizowana jest przede wszystkim poprzez współpracę z Europejskim Stowarzyszeniem Nauk Regionalnych (European Regional Science Association - ERSA), której koordynacją zajmuje się Przewodniczący KPZK PAN - prof. dr hab. Tadeusz Markowski.

Skład Komitetu nie stanowi reprezentacji środowiska naukowego zajmującego się badaniami nad problematyką zagospodarowania przestrzennego, lecz jest to celowo dobrany zespół ekspertów - naukowców, a także reprezentantów urzędów administracji państwowej. Struktura Komitetu jest dostosowana do merytorycznego charakteru realizowanych zadań naukowo-badawczych.

Komitet, jako stały organy Akademii działający bezpośrednio przy Prezydium PAN, pełni w znaczącej mierze funkcje doradcze i opiniodawcze. Działalność w zakresie doradztwa ma szczególne znaczenie w funkcjonowaniu KPZK PAN. Jej przejawem jest opracowywanie ekspertyz, ocen i opinii naukowych dla organów administracji państwowej odpowiedzialnych za planowanie zagospodarowania przestrzennego, politykę regionalną, rozwój obszarów wiejskich, ochronę środowiska i infrastrukturę. Prace Komitetu ukierunkowane są także na nawiązywanie długofalowej współpracy z wybranymi instytucjami administracji publicznej w przedmiotowym zakresie. Komitet podpisał porozumienie z Ministerstwem Rozwoju Regionalnego (w dn. 24 lipca 2009 r.), dotyczące obustronnej współpracy w zakresie polityki rozwoju oraz planowania i zagospodarowania przestrzennego oraz z Głównym Urzedem Statystycznym (w dn. 14 grudnia 2011 r.) dotyczące współpracy  w zakresie badań regionalnych oraz zagospodarowania przestrzennego.

Ważne znaczenie w działalności KPZK PAN pełni również upowszechnianie i wprowadzania do praktyki gospodarczej i społecznej wyników badań naukowych w zakresie problematyki kształtowania zagospodarowania przestrzennego. Odbywa się to w szczególności poprzez organizację konferencji, seminariów, sympozjów i posiedzeń naukowych adresowanych zarówno do środowiska naukowego jak i administracji publicznej oraz podmiotów z praktyki gospodarczej. W obszarze działań Komitetu mieści się również inicjowanie badań naukowych nad aktualnymi problemami z zakresu gospodarki przestrzennej. Komitet upublicznia swoją działalność poprzez własne wydawnictwa (składają się na nie trzy serie wydawnicze), w których publikowane są prace z obszaru dyscyplin objętych zakresem działania Komitetu.